Historia szczepionek jest stosunkowo długa i liczy sobie ok. 1000 lat. Znamy m.in. przekazy dokumentujące chińskie doświadczenia ze zwalczaniem ospy prawdziwej. Wskutek wieloletnich obserwacji zauważono, że kontrolowany kontakt z czynnikiem zakaźnym zmniejsza prawdopodobieństwo zachorowania. Stąd w Chinach małym dzieciom wcierano w błonę śluzową nosa wysuszone i utłuczone na proszek stare strupy ospowe. W Indiach najmłodszym zakładano stare ubrania, w których chodziły osoby chorujące na ospę lub nakłuwano skórę igłami z ropą pobraną od chorych. Część „zaszczepionych” dzieci mogła wykazywać lekkie i krótkotrwałe objawy choroby, inne uodparniały się i w ogóle nie chorowały. Na dobrą sprawę, różnice pomiędzy szczepieniem sprzed 1000 lat i dniem dzisiejszym polegają na stopniu oczyszczenia preparatu, osłabieniu zjadliwości patogenu, kontroli procesu wytwarzania szczepionki i samego szczepienia. 

   W Europie rozwój badań nad chorobami zakaźnymi nastąpił później na skutek obserwacji poczynań wschodnich medyków. Pierwsze opisane zaszczepienie Brytyjczyka miało miejsce na początku XVIII wieku, kiedy to w Konstantynopolu został zaszczepiony przeciwko ospie syn brytyjskiego ambasadora. Zafascynowana skutkiem szczepienia Mary Wortley Montagu, matka zaszczepionego, wraz ze swoim lekarzem domowym rozpoczęła kampanię na rzecz szczepień Brytyjczyków przeciwko ospie. Król Jerzy I ostatecznie wyraził zgodę na szczepienia i nawet zaszczepił swoje dzieci przeciwko ospie, ale dopiero po sukcesie szczepień skazańców (mieli do wyboru szubienicę albo zaszczepienie). Ponad 100 lat później nastąpiła prawdziwa rewolucja w mikrobiologii, dzięki ulepszeniu konstrukcji mikroskopów oraz technik hodowli i barwienia bakterii. W następnym stuleciu Antoni van Leeuwenhoek i następni poprawili konstrukcję mikroskopu na tyle, że w 1882 r. Robertowi Kochowi udało się zaobserwować pod mikroskopem prątki gruźlicy. Koch wprowadził także wiele nowych metod hodowli kultur bakterii oraz nowe sposoby ich utrwalania i barwienia histologicznego, co ułatwiło postępy w wakcynologii (nauce o szczepieniach).